Die Auenkirche wurde im Zuge der ersten Ansiedlungen im Gebiet des heutigen Markkleeberg im 11./12. Jahrhundert erbaut. Die Kirche zu Kleeberg, wie die Auenkirche auch genannt wird, entstand als einfacher rechtwinkliger Bau. Im Jahre 1627 konnte die Kirche neu geweiht werden, nachdem sie 1612 bei einem Feuer bis auf die Grundmauern niedergebrannt war.
Durch Eingemeindungen wuchs die Anzahl der Bevölkerung im Kirchenbezirk stetig an. Um mehr Menschen Platz zu schaffen, wurde die Auenkirche im Jahre 1744 umgebaut und hat ihr äußeres Aussehen, trotz kleinerer Erneuerungsarbeiten von Zeit zu Zeit, seither kaum verändert. In der Völkerschlacht 1813 wurde das Gebiet um die Kirche hart umkämpft. Größere Schäden für die Kirche blieben zum Glück aber aus.
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