Trotz ihrer kleineren Dimensionen gehört sie mit der Stiftskirche auf dem Schlossberg und St.Wiperti zu den wichtigsten ottonischen Gebäuden der Stadt.
An den beeindruckenden Resten der Kirche St. Marien auf dem Münzenberg in Quedlinburg lassen sich noch heute alle Elemente einer ottonischen Basilika mit Apsis, Querhaus, dreischiffigem Langhaus und Westbau ablesen. Im Jahre 986 mit Gründung des Benediktinerinnenklosters errichtet, bestand sie bis 1536 und wurde in den nachfolgenden Jahrhunderten zu profanen Zwecken genutzt und mit zwölf Wohnhäusern über- und umbaut.
Die erhaltenen Teile des Baukörpers, zahlreiche Funde von Halbsäulen, Kapitellen und Reliefs aus St. Marien vermitteln insgesamt ein lebendiges Bild mittelalterlicher Baukunst.
Es können die Westkrypta, die Ostkrypta, Teile des Mittel- und der Seitenschiffe, die Nonnenempore und die archäologisch gesichterte mittelalterliche Begräbnisstätte vor dem südlichen Seitenschiff besichtigt werden.
Auf Privatinitiative wurden die erhaltenen Teile der Klosterkirche erschlossen und im Jahr 2006 wurde die Anlage als Treuhandstiftung "Klosterkirche St. Marien auf dem Münzenberg" in die Deutsche Stiftung Denkmalschutz eingebracht und durch einen Museumsverein betrieben. Die Deutsche Stiftung Denkmalschutz verwaltet und unterstützt aus den Erträgen des Stiftungsvermögens und Spenden den Unterhalt sowie den Ausbau des Museums.
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