Mit dem Standort auf der höchsten Erhebung des Ortes bildet St. Margaretha den Mittelpunkt Emsteks. Die Kirche wurde in den Jahren 1862 bis 1865 als Backsteinbau von J. B. Jensen aus Sögel errichtet.
Die Kirche verfügt über ein von Pfeilern getragenes, über die Seitenschiffe erhöhtes Mittelschiff, das über Obergadenfenster belichtet wird, während der Chor durch die drei Fenster der polygonalen Apsis ausgeleuchtet wird. Zwischen Chor und Kirchenschiff ist ein nur wenig mehr als einen Meter über das Langhaus ausgreifendes Querhaus eingefügt.
Angrenzend befindet sich der große Friedhof mit neuer Kapelle und Park.
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