Kirchliches Leben hat sich in Herzberg am Harz früh entfaltet. Schon im Mittelalter gab es neben der Kapelle im Herzberger Welfenschloss zwei Kirchen, die aber Ende des 16. Jahrhunderts wegen Baufälligkeit abgerissen werden mussten. 1593 wurde in Herzberg die Bartholomäikirche am Rande des Ochsenpfuhles erbaut (1849 wegen Einsturzgefahr abgerissen).
Einige aus der Einweihungszeit von 1845 erhalten gebliebene Gegenstände sind in der Nicolai-Kirche noch im Gebrauch. Dazu zählen die Leuchter auf dem Altar und liturgische Gefäße wie Oblatendose, Oblatenteller und Abendmahlskelch.
In den Jahren 2003 und 2004 erfolgte eine Innenrenovierung der Kirche und es wurde eine Winterkirche unter der Orgelempore eingebaut. Der Kirche wurde die ursprüngliche Farbgebung zurückgegeben. Seit diesem Zeitpunkt erstrahlt die Kirche in einer hellen Farbgebung.·Renommierstück der Herzberger Nicolai-Kirche ist die ebenfalls 1845 eingeweihte, heute denkmalsgeschützte Orgel des in Herzberg ansässig gewesenen Orgelbaumeisters Johann Andreas Engelhardt. Er schuf seinerzeit ein Instrument, das den Übergang von der klassizistischen zur romantischen Epoche veranschaulicht.
Der bereits 1616 errichtete Turm der Nicolai-Kirche enthält ein Geläut aus drei wertvollen historischen Glocken, die aus unterschiedlichen Epochen der Glockengießerkunst stammen. Die älteste Glocke, „Caroline“ genannt, stammt aus dem 13. Jahrhundert. Sie ist eine der ältesten noch läutenden Glocken Deutschlands.
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