Die Stadtpfarrkirche St. Johannes Baptist ist eines der Wahrzeichen der Kreisstadt Pfaffenhofen. Um das Jahr 1400 erbaut (Jahreszahl „1393“ in der Apsis) ist sie über 600 Jahre alt. Auf die Zeit der Neuerbauung verweist zudem ein steinerner Schmerzensmann mit dem Wappen des Scheyerer Abts Konrad von Muhr (1401-1412). Die dreischiffige Basilika entstand wohl an Stelle eines Vorgängerbaus, der zusammen mit der Stadt durch einen Brand im Jahr 1388 zerstört worden war. Die gotische Bausubstanz prägt ihr äußeres Erscheinungsbild bis heute. Noch älter als die Kirche selbst sollen drei Terrakotta-Reliefs sein, darunter eines der Dornenkrönung. 1888 wurde die von außen zugängliche Lourdes-Grotte mit einer Statue Muttergottes errichtet.
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